Freikirchen gab es schon früher, eigentlich prägten sie von Anfang an die christliche Kirchengeschichte. Die ersten Gemeinden der Christen waren allesamt unabhängige, freie Gemeinden, die sich nur dem Wort Gottes (der Apostellehre) und ihrem auferstandenen Herrn Jesus Christus verpflichtet wussten. Es gab keine kirchlichen Hierarchien, nur geschwisterliche Beziehungen zwischen den Gemeinden und die gemeinsame Prägung durch Glauben und Lehre. Als das Christentum unter Theodosius zur Staatsreligion im Römischen Reich erklärt wurde (391), hat sich die Kirche zu einer Institution entwickelt, die den Glauben in einer sehr unpersönlichen Weise verbreitete. Fortan wurden auch jene Christen, die sich außerhalb dieser Staatskirche trafen, verfolgt, vertrieben und oft genug auch ermordet (Paulizianer, Donatisten, Bogomilen, Katharer, Waldenser, Hussiten, Wycliffianer, Hutterer, Hugenotten, etc.). Da sich im Laufe der Jahrhunderte vieles in die Großkirche eingeschlichen hatte, was dem Christentum wesensfremd war, gab es immer wieder Versuche, die Lehre und das Leben der Kirche zum biblischen Fundament zurückzuführen.
Im 16. Jahrhundert übersetzte Martin Luther die ganze Bibel ins Deutsche und so konnte die Botschaft von Jesus Christus zum ersten Mal von einer breiten Masse gelesen werden. Dies war der Grundstein für eine geistliche Reformation in großen Teilen Europas. Die katholische Kirche ließ sich von dieser Glaubenserneuerung nicht erfassen und bekämpfte damals den biblisch geprägten Glauben; so kam es bald zum Bruch mit ihr. Es entstanden drei große Zweige der Reformation: die Lutheraner (AB), die Helvetisch-Reformierten (HB) und die »Täuferbewegung«. Letztere unterschied sich von den anderen dadurch, dass auch Kindertaufe und jede kirchlich-hierarchische Struktur abgelehnt wurden. Ab 1536 war diese Bewegung maßgeblich von dem Holländer Menno Simons, einem ehemals katholischen Priester, beeinflusst und ließ sich nach ihm Mennoniten nennen, um sich auch gegen negative Entwicklungen unter den Täufern abzugrenzen.
Es gab eine Zeit, in der Österreich zu 80% evangelisch war. Vor allem Täufer evangelisierten in allen Ländern der Monarchie trotz großer Repressalien sehr erfolgreich und gründeten freie Gemeinden. Erst in der Gegenreformation wurde Österreich, mit oft brutaler Gewalt, von oben herab rekatholisiert. Im Jahr 1528 wurden z. B. in Linz der Leiter einer freien Gemeinde, Wolfgang Brandhuber, und siebzig Gemeindeglieder nur um ihres biblischen Glaubens willen hingerichtet. Die Freikirchen verzeichneten in Österreich die meisten Märtyrer und wurden fast zur Gänze ausgerottet oder mussten ihre Heimat verlassen.
Trotz der harten Verfolgung durch weltliche und kirchlichen Machthaber breiteten sich die Freikirchen in den weiteren Jahrhunderten immer mehr aus. Sie fanden aber ihre größte Verbreitung zunächst im nördlichen Europa und in Russland, wo sie in der kommunistischen Ära trotz strenger Verfolgung stark wuchsen. In Nordamerika bilden die Freikirchen zusammengenommen den größten Anteil der Christen. Starkes Wachstum gibt es aber auch in der dritten Welt. Es gibt in Österreich wieder über 300 freikirchliche Gemeinden, mit denen wir uns verbunden fühlen. Weltweit gibt es ca. 1 Million Mennoniten in über 80 Ländern. Vielleicht nicht sehr beeindruckend, aber der Einfluss der Mennoniten auf die gesamte Christenheit, von Menno Simons bis heute, wird vielfach unterschätzt.